La misión del Consejo Nacional de Educación se orienta a fomentar, cautelar y promover, de manera prioritaria, la calidad de la educación escolar y de la educación superior.
Desarrolla sus funciones en el marco del Sistema Nacional de Aseguramiento de la Calidad de la Educación y del Sistema Nacional de Aseguramiento de la Calidad de la Educación Superior.
Para ello, el Consejo aprueba las bases curriculares y sus adecuaciones, los planes y programas, el plan nacional de evaluación, las normas sobre calificación y promoción y los estándares de calidad presentados por el Ministerio de Educación para la educación parvularia, básica, media, de adultos y especial o diferencial; verifica y fomenta el desarrollo cualitativo de las nuevas instituciones de educación superior a través del proceso de licenciamiento; se pronuncia sobre las apelaciones de las decisiones de acreditación de instituciones autónomas, sus carreras y programas de posgrado, así como sobre las sanciones aplicadas a las agencias de acreditación privadas; provee de información a los usuarios sobre el funcionamiento del sistema de educación superior; asesora al Ministerio de Educación en las materias en que éste lo requiera e impulsa la reflexión y la investigación en el plano educacional.